En el año 1491, Alonso Fernández de Ribera solicita que se le conceda la ermita de San Roque, antes llamada de la Vera-Cruz, por la cruz de gran tamaño que colocó el referido señor, siendo ésta objeto de veneración. La de San Roque se encontraba entre el cerro de Gibralfaro y el de San Cristóbal. La ciudad accede a darle la ermita y nombra como diputados a Fernando Iranzo, regidor, y a Álvaro de Herrera, jurado. Más tarde se confirmaría por cédula real en Santa Fe el 7 de marzo de 1492. Los mercedarios tenían deseo de fundar en Málaga y lograron de Ribera que les cediese la ermita. Este convenio fue aprobado por el capítulo provincial que se celebró el 23 de marzo de 1499 en Sevilla que fue presidido por el capellán de los Reyes Católicos, padre fray Antonio de Valladolid.
Inmediatamente se tomó posesión por parte de los frailes de la ermita y sus tierras. Éstas se labraron y se hizo una ancha cerca para su defensa; pero el lugar al que hacemos referencia no era todo lo bueno que quisieran por el peligro que suponía para los frailes el desembarco de moros en la costa y cerca de la ermita. Esto obligó a pedir un lugar de mayor seguridad dentro de la ciudad y protegido por las murallas. La petición fue realizada por fray Diego de Hós.
Así pues, y previa información, le fueron entregados a los frailes mercedarios unos terrenos en el arrabal, casi frente a la Puerta de Granada, dentro del muro que corría desde el arco llamado después de Santa Ana y subía por la espalda del nuevo convento y torre de la Goleta. El lugar señalado medía 130 pies de anchura y 300 de longitud. Su cesión a los frailes fue aprobada por real cédula de la reina Doña Juana en 1507, cuando ya habían comenzado las obras, confirmándolo mediante bula el Papa Julio II en la misma fecha.
Tenía el convento, según se desprende de una gongoriana octava escrita por el poeta Juan de Ovando en 1663, un gran número de cipreses que adornaban el compás por lo que es la parte de la plaza. Contiguo a la ermita debió de estar el hospital y capilla de San Juan de Letrán, quedando años más tarde la capilla adjunta al convento por derribo de la casa hospital.
Otra capilla importante era la de la Concepción, después de San Ramón, labrada en 1596. Estaba, según consta, cercada de lujosas verjas y en ella estuvo el comulgatorio antes de la construcción de la capilla de Jesús de los Viñeros. En los comienzos del siglo XVIII, los frailes instalaron allí la capilla de San Ramón dejando como recuerdo una imagen de la Purísima. Esta capilla pasó después a ser propiedad del escritor Luis Amate de la Borda y de sus herederos.
En 1605 fue construida la capilla de Jesús Crucificado por Martín de Loayza. Ésta pasaría a ser propiedad de la familia Zavas, venerándose además San Antón y San Cayetano. En 1645, el 6 de junio, ante el escribano Salvador de Noriega, el convento donó al regidor perpetuo don Adriano de Olmedo otra capilla titulada de Santa Lucía y la familia de los Nadaes ejecutó la llamada de las ‘once mil vírgenes’.
Además existían en la Merced vieja las capillas de Nuestra Señora de la Columna, San Cosme y San Damián -donde se encontraba la imagen de San Serapio-, la de Nuestro Padre Jesús de Viñeros y la del Santo Cristo de la Sangre. Se sabe que en la antesacristía existía una capilla de Don Juan Pérez de Florián , de la cámara de Felipe III y de su legítima mujer Ana de Aguirre. En la sala de profundo de los frailes existía otro altar propio del capitán don José Benítez de Quirós.
Corporaciones
En lo que se refiere a las cofradías existentes en la iglesia antigua, además de las ya nombradas de Viñeros y la Sangre, encontramos la de Nuestra Señora del Traspaso, la de San Juan de Letrán y Ánimas del Hospital, la de Nuestra Señora de Loreto, 
la del Santo Cristo de la Humildad, la de Nuestra Señora de Monserrate, la de la Purísima Concepción, la de la Soledad y la de San Antonio Abad. Será a finales del siglo XVIII cuando una de las naves amenazaba con desplomarse, por lo que se acordó la edificación de un nuevo templo en 1773.
En mayo de 1792 se dio cuenta de la finalización de las obras de la nueva iglesia. El templo tenía una sola nave muy amplia, con capilla mayor, dos laterales, cinco menores y varios altares a su entrada, estructura que correspondía a la Merced que llegó hasta el pasado siglo XX.
La imagen de Nuestra Señora de las Mercedes fue colocada en la capilla mayor, sobre el retablo se encontraba un cuadro de gran mérito, que representaba la aparición de la Santísima Virgen a San Raimundo de Peñafort, San Pedro Nolasco y don Jaime de Aragón, debido al pincel de Manrique de Lara -que aparece autorretratado en uno de los extremos-.
A la derecha se encontraba la capilla que fue sagrario y que correspondía a Nuestro Padre Jesús de Viñeros, a las que siguieron la de Nuestra Señora de Comendadora y la de San Ramón Nonato. A la izquierda existía en primer término la del Santo Cristo de la Sangre y a continuación la de San Pedro Nolasco. La de la Columna y la de Nuestra Señora de la Soledad estaban situadas frente al lugar donde se encontraba la pila bautismal, que fue trasladada a la capilla del Nazareno de Viñeros.
Al pie de la iglesia había cuatro altares sencillos con infinidad de imágenes como las de San Francisco de Paula, traído del Santuario de la Victoria, San Cayetano, Santa María del Socorro, la beata María de Jesús, San Serapio, la Inmaculada, San José, Nuestra Señora del Carmen, San Rafael y Nuestra Señora de los Dolores. Consta también la existencia de un yacente, que al parecer fue robado antes de 1931.
La orden sufrió la desamortización decimonónica de Mendizábal y la iglesia, continuas reformas por su mal estado, constando restauraciones en 1841, 1865, en 1875 y en 1884. Las aportaciones de este estudio por notas y transcripciones de Narciso Díaz de Escobar, fuente del mismo, asemejan las del reciente estudio realizado por José María de las Peñas Alabarce que, en un completo catálogo de la exposición sobre ‘La iglesia de la Merced y sus cofradías mercedarias’, apunta en los datos de su investigación el desarrollo y las claves de este templo malacitano.
Además de las mencionadas, las cofradías que pasaron por esta iglesia fueron las de Nuestra Señora de la Piedad, la de la Humildad, con el conocido Señor del Balcón, la de Llagas y Columna o ‘el Cristo del Rayo‘, la Hermandad de la Esclavitud de la Soledad apuntada por Medina Conde, la Sagrada Cena o el Descendimiento.
Arquitectura
En lo referido a su arquitectura, de estilo renacentista, la iglesia tenía plata de cruz latina, con crucero, coro y presbiterio. La única nave que poseía tenía diez metros de luz, estaba flanqueada por amplias capillas, sobre las que, a modo de triforio o balcón, corría una galería desde la que se abrían tribunas.
El conjunto compositivo contaba con unas líneas de proporción magníficas, las pilastras de finura irreprochable se remataban con capiteles corintios sobre los que descansaba un entablamento ricamente decorado formado por arquitrabe, friso y amplia cornisa. La cúpula del crucero estaba construida sobre pechinas, sobre cuatro arcos de medio punto de diez metros de luz, en los que descansaba el anillo de la cúpula. La cubierta de la nave central se resolvía con bóveda de cañón con lunetos, siendo ésta una construcción independiente de la armadura de cubierta.
La iluminación se solventaba mediante lunetos con vidrieras de colores, que producían bellos efectos de luz según las horas del día. Las capillas, situadas bajo las tribunas, se cubrían con bóvedas y otra de cañón servía de soporte al coro. Sobre pedestales descansaban las pilastras y de ellos nacían los arcos fajones situados en la bóveda central.
El exterior, hacia la plaza de la Merced, pertenecía al siglo XIX. La fachada estaba compuesta por dos órdenes superpuestos acusando la altitud de la nave central, y flanqueadas por dos cuerpos que, a modo de torres, eran más estrechos y altos, rematados por chapiteles cubiertos de zinc, encontrándose en esta torres las escaleras de subida al coro y a las tribunas.
A la fachada antecedía un atrio cerrado con una verja de gran vistosidad y paños de rejería encuadrados en pilares de piedra labrada. En lo referido a las fachadas laterales, éstas poseían en su parte superior una robusta cornisa de ladrillo visto muy moldurada, sobre la que descansaba la cubierta de teja árabe. Destacaba también la cubierta del crucero, que subía sobre la nave central.
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Málaga, antes y ahora. 